La microbiota es el conjunto de microorganismos que se encuentran en las distintas localizaciones del cuerpo humano. Su composición es característica para la especie humana y varía según la localización. Su contenido genómico se denomina microbioma. La microbiota ofrece muchos beneficios al huésped a través de una serie de funciones fisiológicas como la producción de nutrientes, proteger contra patógenos y regular la inmunidad del huésped. Al igual que en otros ecosistemas, se pueden generar diferentes relaciones tanto positivas como negativas: simbiosis, mutualismo, comensalismo y parasitismo. La mayoría de la microbiota es no patógena y cohabita con el huésped en una relación simbiótica. Tales interacciones permanecen en un equilibrio constante y, al ocurrir un cambio en cualquiera de las dos partes, un microorganismo normalmente residente puede convertirse en patógeno. Hace poco que surgió el interés en entender cómo influyen en la fisiología humana los microorganismos comensales. Las enfermedades de todos los sistemas orgánicos se han relacionado con cambios en la microbiota, habiéndose vinculado con trastornos intestinales, alteraciones metabólicas, enfermedades autoinmunes, alergias y la susceptibilidad a la infección y la eficacia de tratamientos farmacológicos. Resulta interesante el conocimiento de las posibles aplicaciones terapéuticas.

The microbiota is the set of microorganisms found in various places in the human body. Its composition is characteristic to the human species and varies according to location. Its genomic content is called the microbiome. Microbiota offer the host many benefits through a series of physiological functions such as the production of nutrients, protection against pathogens, and regulation of the host's immunity. Like in other ecosystems, various relationships (both positive and negative) can arise: symbiosis, mutualism, commensalism, and parasitism. The majority of microbiota are not pathogenic and cohabitate with the host in a symbiotic relationship. Such interactions are in a constant equilibrium and if there is a change in any of the two parties, a microorganism that is normally a resident can become a pathogen. Recently, interest has arisen in understanding how human physiology influences commensal microorganisms. Diseases of all organ systems have been related to changes in the microbiota; links have been found with gastrointestinal disorders, metabolic alterations, autoimmune diseases, allergies, susceptibility to infection, and the efficacy of drug treatments. Knowledge of possible therapeutic applications is of interest.