Las infecciones del tracto digestivo presentan una etiología y unas manifestaciones clínicas diversas, por lo que el estudio microbiológico debe guiarse según el cuadro clínico. Es crucial la selección de una muestra adecuada que sea representativa del proceso infeccioso, para garantizar un diagnóstico preciso y orientar de manera adecuada el tratamiento antimicrobiano. Las técnicas moleculares han supuesto un gran avance en el diagnóstico de las infecciones del tracto digestivo, aunque el cultivo continúa siendo fundamental para confirmar el agente etiológico y establecer su perfil de sensibilidad en el caso de las infecciones bacterianas. La interpretación de los resultados microbiológicos debe realizarse con cautela, valorando sus ventajas y limitaciones.

Digestive tract infections have a diverse etiology and clinical manifestations. Thus, the microbiological study should be guided by the clinical picture. Selection of an adequate sample that is representative of the infectious condition is crucial to ensure an accurate diagnosis and adequately guide antimicrobial treatment. Molecular techniques have been a great advance in the diagnosis of digestive tract infections, although culturing continues to be essential to confirm the etiological agent and establish its sensitivity profile in the case of bacterial infections. Microbiological results should be interpreted with caution, assessing their advantages and limitations.